Кафедральный собор был основан как римско-католическая святыня 16 июля 1640 г. Бывший владелец Ужгорода граф Ян Другет выдал иезуитам дарственную грамоту обширной деятельности на Замковой горе (1644 г. в период контрреформации). С поддержкой графа началось строительство коллегии-школы (современная библиотека УжНУ) и костёла. Завершила строительство уже вдова Другета Анна Якушич в 1646 г.
В 1773 г. иезуиты были изгнанны с территории Австрийской империи.
В 1775 г. императрица Мария-Терезия передала этот храм и резиденцию в собственность греко-католической епархии. Епископ А. Бачинкский перестроил его соответственно к восточному обряду. Кроме того епископ еще построил здесь часовню Богородицы. 15 октября 1780 г. история храма латинским языком записана на мемориальную доску под порталом.
В левой башне установлен огромный колокол «Иван» весом в одну тонну, а правый – тритонный колокол. К порталу пристроили ступеньки с красного мрамора. С обеих боков центрального входа установлены таблички с надписями церковнославянским языком: «Крест – краса церквям, верным утверждение, нечистым смерть» и «Крест – хранитель мира, царям государство, ангелам слава». Тогда же на обеих колокольнях появилися часы с курантами, их за собственные деньги купил в Вене в подарок храму Августин Енковский. В 1903 г. епископ Юлий Фирцак отремонтировал храм, перекрыл крышу, а также обновил часовню. В 1927 г. обновление часовни сделал епископ Петро Гебей. Розписи в ней исполнил Йосип Бокшай. Он также розписал потолок и стены часовни на заказ епископа Александра Стойки.
16 февраля 1949 г. советская власть конфисковала собор, после его было передано православной конфесии. В конце 80-х в храме был сделан ремонт, а в 1991 г. его вернули греко-католической общине. В настоящее время, фасад храма щедро оформлен архитектурными украшениями.
Интерьер внутри оформлен в стиле позднего барокко. Частично сохранилась роспись 18 ст., а также картины Ф. Выдры, художника который обучался в Италии в 40-х годах 19 ст. и привез на Закарпатье принципы и приёмы итальянской живописи позднего барокко.
Под собором находится крипта с захоронениями епископов (наиболее древнее захоронение епископа Андрея Бачинского).
